以周期内的总工时为基准，区分周期内延长工时与法定节假日加班两种情形。以下是具体的计算方法和步骤：
法律依据
《中华人民共和国劳动法》第四十四条：规定了加班工资的计算标准。
《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》第五条：明确了综合计算工时制的特点。
《工资支付暂行规定》第十三条：具体规定了不同工时制度下的加班费支付办法。
计算步骤与要点
第一步：确定计算周期
综合计算工时制以周、月、季、年为周期综合计算工作时间。例如，一个季度（约13周）为一个计算周期。
第二步：计算周期内法定标准总工时
根据国家规定的标准工时（每日8小时，每周40小时），计算整个周期内的法定标准总工时。
- 月周期：平均每月工作天数约为20.83天（250天/年 ÷ 12个月），法定标准总工时约为 166.64小时（20.83天 × 8小时）。
- 季周期：法定标准总工时约为 500小时（166.64小时/月 × 3个月）。
- 年周期：法定标准总工时约为 2000小时（250天 × 8小时）。
第三步：比较实际总工时与法定标准总工时
- 未超过：如果在整个计算周期内，员工的实际总工时未超过法定标准总工时，则无需支付加班费。
- 超过：如果实际总工时超过了法定标准总工时，则超出部分属于延长工作时间。
第四步：计算加班费
针对超出法定标准总工时的部分，其加班费计算方式如下：
周期内延长工作时间的加班费（即“延时加班费”）
- 情形：在综合计算周期内，实际总工时超过法定标准总工时。
- 计算标准：按不低于劳动者本人小时工资的150% 支付加班费。
- 计算公式：
加班费 = (实际总工时 - 法定标准总工时) × 小时工资 × 150%
法定节假日的加班费
- 情形：无论整个周期内总工时是否超额，只要安排在法定节假日工作。
- 计算标准：按不低于劳动者本人日或小时工资的300% 支付加班费。
- 注意：这是独立的加班费，与周期内的总工时是否超额无关。
举例说明
假设某员工实行以季为周期的综合计算工时制，月工资为6000元，小时工资为34.48元（6000元 ÷ 21.75天 ÷ 8小时）。本季度法定标准总工时为500小时。
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情景一：周期内总工时超额
- 该员工本季度实际总工时为550小时。
- 超出部分：550小时 - 500小时 = 50小时。
- 延时加班费：50小时 × 34.48元/小时 × 150% = 2586元。
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情景二：法定节假日加班
- 该员工在五一劳动节当天工作了8小时。
- 节假日加班费：8小时 × 34.48元/小时 × 300% = 827.52元。
- 此费用独立于周期总工时的计算，无论季度总工时是否超过500小时，均需支付。
重要注意事项
审批为前提：企业实行综合计算工时制，必须经劳动行政部门
批准，否则仍需按标准工时制计算加班费。
平均工作时间：其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同，即周期内平均每日工作不超过8小时，平均每周不超过40小时。
加班时长上限：延长工作时间每月不得超过
36小时，这是劳动法的强制性规定，即使实行综合计算工时制也应遵守。
考勤记录：员工应注意保留考勤记录、工资单等证据，以备发生争议时使用。
总结：在综合计算工时制下，加班费的计算关键在于周期总工时。超出周期法定总工时的部分，按150% 支付加班费；安排在法定节假日工作的，无论总工时是否超额，均按300% 支付加班费。
